Los residuos de manejo especial tienen una composición muy variada, por ello es difícil dar recomendaciones generales, sino que más bien requiere un análisis según las características de cada uno.
Los residuos de manejo especial que en su composición tienen elementos químicos peligrosos confinados, deben ser manipulados por separado y evitando algún daño que provoque un riesgo.
Los residuos que están formalmente establecidos como de manejo especial, según el decreto N° 38272 del Ministerio de Salud para residuos de manejo especial, y el decreto N° 35933 para residuos electrónicos, no pueden manipularse en conjunto con residuos ordinarios. Deben ser separados y entregados en puntos de recolección autorizados o a gestores de residuos autorizados.
Los lotes o contenedores de residuos de manejo especial deben ser etiquetados y rotulados como tales. No tienen ningún símbolo de identificación específico.