El historiador Arias (2002) menciona que la ciudad de Rivas fue fundada en el siglo XVII. Dispuesta con el clásico patrón colonial español, cuadras anchas con edificios amplios de gruesas paredes de adobes con techos de teja, una plaza mayor y una iglesia mirando al oeste. Muchos de los edificios estaban construidos de manera que ocupaban todo el espacio de una cuadra, comunicándose por dentro a través de solares y patios internos, siendo uno de los más conocidos el llamado Mesón de Guerra, que era una pensión o casa de huéspedes ocasionales, perteneciente a don Francisco Guerra. Los soldados costarricenses se habían alojado en varias casas de hospedaje conocidas como mesones, siendo las más grandes el Mesón de López y el Mesón de Guerra. Aquella calurosa mañana del 11 de abril de 1856, el ejército filibustero al mando del general William Walker ingresó por el costado este del pueblo, tomando la Iglesia Catedral y sus torres como puntos de observación. La calle al norte de la plaza fue tomada por el regimiento del capitán Fry, desplazándose velozmente hasta la esquina del Cabildo, atacando a un pequeño piquete de soldados costarricenses que mantenían solitario un cañón en ese sitio, llegando a defender la posición cuando avistaron a los filibusteros, pero estos les ganaron la carrera, muriendo la mayoría de los costarricenses en el lugar. Las ordenes de Fry eran avanzar hasta la cuadra siguiente al mesón, donde se hallaba el presidente Mora y su Estado Mayor, con la evidente intención de capturarlos o matarlos. Las tropas costarricenses salieron a la calle para contener el avance filibustero.
Ante la rápida respuesta de los ticos, los filibusteros se vieron copados, optando muchos de ellos por refugiarse en el Cabildo y las casas vecinas, así como penetrar en el mesón de Guerra. La batalla fue brutal y encarnizada en las primeras cuatro horas, ambos ejércitos intentaban avanzar y tomar posiciones estratégicas para emprender nuevos movimientos. Al filo del mediodía y primeras horas de la tarde, los comandantes de campo como el general José María Cañas, quisieron conjurar el peligro de que los filibusteros que se hallaban en el mesón y en las otras casas cercanas, realizaran un avance masivo sobre el cuartel general.
Las órdenes del general eran claras: incendiar las casas que se hallaban más al oeste, incluyendo el edificio que ocupaba el mesón. De inmediato se rompieron algunas telas, empapándolas con canfín, escogiéndose a los soldados que cumplirían con la misión. En este punto es donde ocurrió un hecho que sirvió años después para crear el mito del “Héroe Nacional Juan Santamaría”. Según la calificada opinión de don Rafael Obregón Loría, la misión de quemar el mesón de Guerra no fue ejecutada por un solo hombre, sino por tres valientes voluntarios: Juan Santamaría, Pacheco Bertora y Joaquín Rosales. Aunque la historia demuestra que el hecho heroico atribuido de forma personal al soldado alajuelense Juan Santamaría, no ocurrió de la manera en que lo conocemos y lo celebramos cada 11 de abril, hay que mirar la figura del Héroe Nacional como un símbolo de la valentía y patriotismo del pueblo costarricense; eternizado por el ideal de los gobernantes liberales convencidos de que toda nación necesita héroes sobre los cuales cimentar los valores cívicos.
La Batalla de Rivas terminó con el retiro de las fuerzas filibusteras, quedando la ciudad en manos de las tropas costarricenses. Días después y en momentos en que el presidente Mora planeaba marchar hasta Granada para combatir nuevamente a Walker y terminar con la amenaza del filibusterismo, hizo su aparición la epidemia del cólera, provocando la muerte de casi quinientos soldados y más de ocho mil personas entre la población civil costarricense.
La guerra tuvo que suspenderse entre los meses de mayo y setiembre de 1856, mientras el cólera hacía estragos en Costa Rica. Pero una vez que se detuvo la epidemia, se planificó la segunda fase de la Campaña Nacional, conocida como La Campaña del Tránsito.
