La gestión de los residuos comprende etapas que no se realizan dentro de las instalaciones. Actualmente, es frecuente que los EAS contraten el tratamiento y la disposición final de sus residuos.
Es importante que se utilicen formularios o manifiestos que permitan un control con el contratista y aseguren la trazabilidad de los residuos transportados y/o tratados, tanto para control interno como para las autoridades competentes.
Las etapas del manejo externo son realizadas generalmente por gestores autorizados. Es importante señalar que cualquier método de tratamiento y de disposición final para residuos peligrosos debe ser autorizado por el Ministerio de Salud.