A todas las diversas manifestaciones de lucha indígena durante la conquista y colonización por evitar la desarticulación política, social, territorial y cultural en sus respectivos Cacicazgos se le ha denominado resistencia indígena. Esta lucha también es sinónimo de una gran valoración cultural enfocada en reclamar los derechos territoriales, y defender los recursos naturales, las identidades culturales y la integridad física.
El proceso de conquista tuvo un movimiento de resistencia por parte de las etnias que estaban siendo sometidas. El problema es que la resistencia nunca fue sistemática ni organizada. Muy pocos fueron los brotes de violencia entre las comunidades aborígenes ya cristianizadas. Arias (2007).
El historiador Viales (2002) agrega que los pueblos indígenas realizaron diversas formas de resistencia ante los conquistadores que les imponían una nueva y única religión, así como leyes y costumbres muy opuestas a sus prácticas ancestrales.
Algunas de las formas de resistencia fueron:
- Acoso sistemático a las huestes españolas durante sus viajes de exploración y colonización, mediante emboscadas y ataques a los poblados que iban siendo fundados.
- Aparente sumisión ante las autoridades civiles y eclesiásticas en cuanto a la adopción del credo católico, que luego conduciría en un sincretismo religioso.
- Huida a zonas no controladas por los españoles como lo fueron Talamanca y la Zona Norte, esto en respuesta a la oposición para realizar trabajos forzados en los campos de cultivo u otros tipos de servicios a los que les querían someter.
- Desgano vital que implicaba reducir al máximo la natalidad mediante diversas formas de control, entre ellas el aborto.
- Rebeliones armadas las cuales se convirtieron en las formas de resistencia más contundentes en casi todos los sitios del poder colonial. En Costa Rica, las más importantes fueron las realizadas por el cacique Garabito en 1560, y entre 1709 y 1710 la dirigida en Talamanca por Pablo Presbere, obligando a todos los pobladores de la región a huir hacia Cartago.