La conquista significó un contacto entre indígenas y españoles con resultados seriamente lamentables para los pueblos indígenas que resultaron disminuidos y sometidos. Los conquistadores imbuidos en su eurocentrismo fueron incapaces de reconocer el desarrollo de estas culturas al no percibir, negar y menospreciar, su cosmovisión, prácticas culturales y organización política y social que poseían hasta el momento. Estas tierras fueron para los españoles las indias occidentales, tierras en las que sus dueños originales pasaron a ser expulsados y explotados.
Instrumentos de dominación española
Lograr dominar estas tierras por parte de los españoles supuso la definición de instrumentos jurídicos que le dieran un marco de legalidad para justificar las medidas y acciones aplicadas en América. La Corona española logró que el Vaticano le brindara a la empresa colonial el respaldo y el beneplácito para disuadir a posibles competidores europeos, en una zona geográfica considerada de explotación exclusiva de España y Portugal. Viales (2002)
Para Mora (2010), los relatos de los conquistadores insisten en los procesos de pacificación como acciones determinantes en la lógica de sometimiento desarrollada en su momento. Pacificar a los indios fue un objetivo para la evolución de la conquista y se justificó cualquier medio aplicado sin importar las secuelas para los distintos grupos indígenas.
Así, por ejemplo, en 1524 Gil González Dávila en una de sus cartas al rey, muestra que la pacificación puede hacerse sin recurrir a las armas, es decir por medio del requerimiento, pero cuando este no funcionó, el recurso a la violencia es lo que quedaba para obtener la obediencia. El requerimiento fue un primer esfuerzo por legitimar jurídicamente la guerra entre los indígenas dada su condición de infieles. Consistía en un texto que debía de ser leído ante los indios, aunque ellos no entendían nada se presentaba un resumen del Génesis bíblico, se hablaba de la figura de Jesús y de las consecuencias políticas que ésta tenía para la dominación del mundo. Gracias a la Bula Inter Caetera, el Papa había otorgado las tierras americanas al Rey de Castilla. Se exigía entonces el sometimiento pacífico de los indios y el reconocimiento político al Rey como soberano, acompañados de la amenaza de guerra y destrucción en caso de respuesta negativa. Esta pacificación más que una verdadera paz, se fundamentó en la capacidad técnica de los españoles para destruir toda resistencia indígena. El conquistador no estaba ahí para negociar los términos de un cese de hostilidades. Por el contrario, su rol se limitó a proclamar la pertenencia de los territorios y sus habitantes al rey e imponer tanto la obediencia como la conversión. Este proceso, era saldado con oro, puesto que al sometimiento le seguía el pago de un tributo. Por lo tanto, cada expedición tenía a un tesorero responsable de llevar la contabilidad de lo tomado en los diferentes pueblos indígenas, además de contabilizar el número de indios bautizados.
Como lo indica Solórzano (S.F), los documentos de la época evidencian muy claramente que sería mediante la guerra que los españoles consiguen imponerse sobre los indígenas. Así, Juan Vásquez de Coronado, fue uno de los que descuartizó a varios jefes indígenas, y la superioridad de las armas españolas garantizó la sumisión. Al final, vencidos por el hambre, los pueblos indígenas tuvieron que someterse y con ello ser concentrados en reducciones y repartidos en encomiendas personales. Para 1592, la Audiencia de Guatemala ratifica las encomiendas repartidas en Costa Rica.
